Fervent chrétien, mais chrétien frondeur, il a voulu articuler étroitement sa réflexion théologique avec sa réflexion anthropologique, en  fondant cette réflexion théologique dans ce qu'il appelle la "conversion transcendentale".

Cette conversion — qui fonde l'Autre — ne constitue pas une négation de la rationalité, mais au contraire, elle constitue le passage à la limite de cette rationalité qui nous fonde anthropologiquement. Pour Jean Gagnepain, le fait de poser le problème de la conversion transcendantale au regard de la rationnalité humaine, implique que le transcendant ne peut pas aller contre la rationalité ; au contraire c'est dans la rationalité que se fonde le transcendant.

L'essentiel de sa réflexion est exposé dans le troisième tome du "Vouloir Dire" et dans son dernier ouvrage "Raison de plus, Raison de moins".

L'HOMME DE SCIENCE